home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9605d.zip / M9650966.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-30  |  2KB  |  35 lines
  1.        Document 0966
  2.  DOCN  M9650966
  3.  TI    DIPLOMO: the tool for a new type of evolutionary analysis.
  4.  DT    9505
  5.  AU    Weiller GF; Gibbs A; Research School of Biological Science, Australian
  6.        National; University, Camberra, Australia.
  7.        weiller@rsbscentral.anu.edu.au
  8.  SO    Comput Appl Biosci. 1995 Oct;11(5):535-40. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/96163633
  10.  AB    A package of computer programs called DIPLOMO (DIstance PLOt MOnitor)
  11.        has been developed for making pairwise comparisons of different
  12.        estimates of the distances between a set of taxa by plotting them
  13.        against each other in a simple scatter plot. Taxa with similar relative
  14.        distance characteristics are thereby grouped graphically. Groupings of
  15.        different taxa may be directly identified, and the distance
  16.        characteristics of chosen groups visualised and compared using devices
  17.        to give them different colours or symbols. The program is particularly
  18.        useful for detecting and analysing subtle trends in gene sequence
  19.        evolution. This is done by comparing different components of change, for
  20.        example synonymous versus non-synonymous nucleotide changes,
  21.        transversions versus transitions and changes in different genes of the
  22.        same set of taxa, etc. The program has a wide range of other uses, for
  23.        example comparing different methods of sequence analysis, assessing
  24.        which components of genetic change correlate best with phenotypic change
  25.        or with geographical separation. This paper describes the DIPLOMO
  26.        package, and illustrates typical DIPLOMO analyses using lentivirus gene
  27.        sequence data.
  28.  DE    Evaluation Studies  *Evolution  Genes, env  Genetic Techniques
  29.        HIV-1/GENETICS  HIV-2/GENETICS  *Software  Species Specificity
  30.        SIV/GENETICS  JOURNAL ARTICLE
  31.  
  32.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  33.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  34.  
  35.